Realizując swe cele Centrum Polsko – Niemieckie współpracuje z licznymi organizacjami partnerskimi i instytucjami w Polsce i za granicą. Są to między innymi:

  • Polsko-Niemiecka Współpraca Młodzieży,
  • Fundacja Współpracy Polsko Niemieckiej,
  • Dom Anny Frank w Amsterdamie;
  • Federalny Związek Towarzystw Niemiecko-Polskich w Berlinie;
  • Fundacja im. Stefana Batorego,
  • Internationales Bildungs- und Begegnungswerk e.V. w Dortmundzie;
  • Ambasada Królestwa Niderlandów w Warszawie;
  • Konsulat Generalny Republiki Federalnej Niemiec w Krakowie;
  • Austriacki Konsulat Generalny w Krakowie,
  • Goethe-Institut w Krakowie;
  • Państwowe Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu
  • Międzynarodowy Dom Spotkań Młodzieży w Oświęcimiu/Auschwitz;
  • Międzynarodowy Dom Spotkań Młodzieży w Krzyżowej/Kreisau;
  • Ost- und Mitteleuropainstitut w Wiedniu;
  • Spotkania – Stowarzysznie dla Edukacji i Kultury.