Um seine Ziele verwirklichen zu können, arbeitet das Polnisch-Deutsche Zentrum mit zahlreichen Partnerorganisationen und Institutionen in Polen sowie im Ausland zusammen; u.a. sind dies:

• Deutsch-Polnisches Jugendwerk,
• Stiftung für Deutsch-Polnische Zusammenarbeit,
• Anne Frank-Haus in Amsterdam,
• Deutsch-Polnische Gesellschaft Bundesverband e.V. in Berlin,
• Stefan Batory-Stiftung,
• Internationales Bildungs- und Begegnungswerk e.V. in Dortmund,
• Botschaft des Königreichs der Niederlande in Warschau,
• Generalkonsulat der Bundesrepublik Deutschland in Krakau,
• Österreichisches Generalkonsulat in Krakau,
• Goethe-Institut Krakau,
• Internationale Jugendbegegnungsstätte in Oświęcim/Auschwitz,
• Internationale Jugendbegegnungsstätte in Krzyżowa/Kreisau,
• Ost- und Mitteleuropainstitut in Wien.